资源环境专项审计的对象主要是各级政府中承担自然资源管理和生态环境保护的自然资源(含林草)、生态环境、水利、住房城乡建设、海洋、农业农村等行政主管部门和财政、发展改革等部门，以及使用资源环境相关财政资金，从事资源勘查、开发、利用、保护或会对生态环境产生直接影响的企事业单位。

资源环境专项审计的主要内容是：(1)生态文明领域重大决策部署、资源开发利用和生态环境保护重大事项审批以及规划(计划)的落实情况;(2)土地、水、森林、草原、矿产、海洋等自然资源资产的管理开发利用情况;(3)大气、水、土壤等环境保护和环境改善情况;(4)森林、草原、荒漠、河流、湖泊、湿地、海洋等生态系统的保护和修复情况;(5)各地区、相关部门遵守自然资源资产管理和生态环境保护法律法规情况、完成自然资源资产管理和生态环境保护目标情况、履行自然资源资产管理和生态环境保护监督责任情况;(6)自然资源资产和生态环境保护相关资金征管用和项目建设运行情况;(7)其他与自然资源资产管理和生态环境保护相关的事项。